THE USE OF MOLECULAR APPROACH FOR DISCRIMINATION OF BACTERIAL SPECIES OF THE ACTIVE BENIGN CHRONIC SUPPURATIVE OTITIS MEDIA

RISA untuk Bakteri OMSK Benigna Aktif

TINJAUAN PUSTAKA

Pendekatan Molekuler (RISA)

untuk Membedakan Spesies Bakteri

Otitis Media Supuratif Kronik

Benigna Aktif

Anton Christanto, Soepomo Soekardono, Agus Surono,

Novi Primadewi, Roikhan Harowi

Bagian Ilmu Penyakit Telinga Hidung Tenggorok Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada/

SMF THT Rumah Sakit Umum Pusat Dr. Sardjito Yogyakarta, Indonesia

PENDAHULUAN

Pada mukosa cavum timpani penderita Otitis Media

Supuratif Kronik Benigna Aktif (OMSKBA), telah terjadi

banyak perubahan-perubahan yang menetap, sehingga resolusi

spontan sangat sulit terjadi dan biasanya ada gangguan

vaskularisasi di telinga tengah, sehingga antibiotika sistemik

sulit mencapai sasaran dengan optimal; oleh karena itu

diperlukan antibiotika topikal. Kronisitas dengan fase aktif

dan fase tenang yang bergantian dapat terjadi sepanjang umur

sehingga diperlukan antibiotika pada setiap fase aktif. Tidak

jarang kasus kasus OSMK membandel terhadap pengobatan

dengan kesembuhan yang tidak sempurna bahkan gagal sama

sekali.

Antibotika yang diberikan adalah atas dasar hasil uji

kepekaan in vitro terhadap bakteri aerob. Pada pemeriksaan

bakteriologik (mikrobiologik), penemuan jenis kuman yang

sama pada media kultur, sering kali menghasilkan hasil uji

kepekaan yang berbeda.

Pada akhir-akhir ini terlihat kecenderungan terjadinya

perubahan dalam jenis kuman penyebab penyakit infeksi serta

respon kuman terhadap antibiotika.

Akibat perkembangan terapi antibiotika, insidensi dan

prevalensi OMSK menurun, tetapi penurunan ini tidak sebaik

penyakit infeksi lainnya terutama pada kasus anak. Seperti

dimaklumi hilangnya fokus infeksi di telinga tengah penting

untuk penyembuhan spontan dari kerusakan akibat penyakit

infeksi tersebut.

2,3

Pada umumnya pemberian antibiotika untuk OMSKBA

didasarkan pada "educated guess" yaitu berdasarkan laporan

terakhir mengenai bakteri yang paling sering ditemukan pada

OMSKBA.

Pemeriksaan bakteriologik OMSKBA selama ini

dilakukan melalui pemeriksaan isolasi dengan media kultur.

Identifikasi kuman didapatkan dengan melihat morfologi

koloni kuman dalam media kultur dalam sebuah plate dan uji

biokimia. Dari hasil pemeriksaan bakteriologik tersebut

kuman yang sering ditemukan pada OMSK bervariasi. Pada

umumnya ditemukan Pseudomonas spp, dengan persentase

antara 16%-100%, Staphylococcus aureus 9%-32%,

Enterobacter spp 3%-30%, H. influenzae 12%, Streptococcus

15% dan kuman lain kadang-kadang ditemukan dalam

persentase kecil.

5,1,6,7

Temuan kuman anaerob meningkat dari

1% menjadi 43% berkat perbaikan teknik pemeriksaan

bakteriologik.

Secara taxonomy term (klasifikasi) pemeriksaan

bakteriologik dengan media kultur tersebut hanya bisa

mengidentifikasi jenis kuman setingkat genus maupun spesies.

Pemeriksaan bakteriologik dengan media kultur tidak bisa

membedakan jenis kuman yang masih dalam satu spesies.

Dengan kemajuan biologi molekuler, teknik PCR-RISA

dapat membedakan jenis kuman antar spesies atau strain dari

satu spesies.

9,10

Tujuan penelitian ini adalah melihat gambaran pola

kuman dari hasil isolasi sekret telinga OMSKBA pada media

kultur dengan pendekatan PCR.

TINJAUAN PUSTAKA

Otorea kronis adalah keluarnya cairan dari telinga lebih

dari 2 bulan. Selanjutnya dengan otoskopi dibedakan ada

tidaknya perforasi pada membran timpani. Apabila membran

timpani perforasi, diagnosis mengarah pada OMSK.

Definisi OMSK adalah radang kronis telinga tengah

dengan perforasi membran timpani dan riwayat keluarnya

sekret dari telinga (otorea) lebih dari 2 bulan, baik terus

menerus atau hilang timbul. Sekret mungkin serous, mukus

atau purulen.

Pada OMSK tanpa komplikasi dinilai apakah

ada kolesteatom atau tidak. OMSK tanpa kolesteatom disebut

sebagai OMSK benigna atau tipe mukosa dan yang disertai

Cermin Dunia Kedokteran No. 155, 2007

RISA untuk Bakteri OMSK Benigna Aktif

kolesteatom disebut sebagai OMSK maligna atau bahaya.

OMSK benigna dibagi menjadi fase tenang dan aktif.

Fase tenang jika OMSK tersebut adalah OMSK tipe mukosa

dalam keadaan kering. Jika ada discharge maka disebut fase

aktif (OMSKBA).

KEKERAPAN

Di seluruh dunia prevalensi OMSK 65330 juta jiwa, 60%

(39200 juta jiwa) mengalami gangguan pendengaran yang

sangat klinis bermakna. Diperkirakan 28000 mengalami

kematian dan < 2juta mengalami kecacatan; 94% terdapat di

negara berkembang.

Prevalensi OMSK di Indonesia secara

umum adalah 3,8%.

Pasien OMSK merupakan 25% dari

pasien-pasien yang berobat di poliklinik THT RS Dr Sardjito

Yogyakarta tahun 2004.

Gambaran bakteriologik pada OMSKBA

Beberapa penulis melaporkan P.aeruginosa merupakan

bakteri aerob yang paling sering ditemukan, walaupun

persentasenya berbeda-beda.

1,14-18

Friedman (1952) (dikutip oleh Shenoi

) menemukan

S.aureus sebesar 32,7% dari 318 kasus dan 41% resisten

dengan penisilin, Proteus 27%, Pseudomonas aeruginosa

16%, E.coli 10,7%.

Jonsson (1986)

1,6

menemukan 32% Pseudomonas spp,

dengan spesies tersering adalah Ps. aeruginosa. Staphylococus

aureus sebesar 30%, dan batang gram negatif lain 32%.

Spesimen diambil dari telinga tengah.

Fliss

mendapatkan Pseudomonas spp 100% dari 77

spesimen yang diperiksa, kuman enterik gram negatif (E.coli,

Enterobacter spp, Proteus mirabilis, lain lain) sebesar 33%,

Staphylococus 25%. Tidak dilakukan pemeriksaan terhadap

kuman anaerob

Papastavros

melaporkan bakteri aerob pada 84,03%

spesimen, dengan Pseudomonas sp sebesar 50,67%, S.aureus

36,00%.

Amadasun

melaporkan Pseudomonas sp sebesar 65%,

Proteus sp 26%, Streptococcus sp 15%, Staphylococcus sp

12%.

Leibermen

pada penelitian kuman aerob pada

OMSKBA mendapatkan Pseudomonas spp pada semua kasus

(100%), Enteric gram negative bacilli 33%, Staphylococcus

25%, Haemophylus influenzae 12%.

Kenna

(1986) melaporkan hasil pemeriksaan

mikrobiologik pada 51 biakan dari 36 penderita (anak)

OMSKBA terdiri dari 23 spesies, antara lain P.aeruginosa

sebesar 67% dan merupakan kultur murni pada 31% kasus (16

telinga). Pada 15 anak dengan OMSK bilateral, 73%

mengandung kuman yang sama di kedua telinga tengahnya.

S.aureus (beta lactamase positive species) sebesar 9,3%,

diphteroids 9,3%, S. epidermidis 6,4%.

Hariasri

pada penelitian kuman OMSKBA dengan

pengambilan spesimen menggunakan lidi kapas mendapatkan

Pseudomonas sebesar 59,01%, Staphylococcus 31,14%,

Difteroid 16,39% dan Proteus 9,84%.

Pemeriksaan bakeriologik dengan media kultur pada

OMSKBA

Saat pengambilan sekret telinga harus diperhatikan

sterilitasnya; diusahakan tidak ada kontaminasi dari kulit

canalis auditorius externus dengan teknik : kulit dibersihkan

dengan jodium dan alkuhol 70%; kontaminasi dari udara luar

dihindari dengan meletakkan lampu spiritus di depan lubang

botol steril berisi media transport saat memasukkan spesimen

ke dalamnya.

Pengambilan sekret/discharge menggunakan jarum no 20

yang dihubungkan dengan semprit ukuran 1 atau 2,5 ml.

Setelah sekret diambil, segera dimasukkan ke tabung yang

berisi media transport yaitu media setengah padat yang

tersusun oleh:

Medium Carry dan Blair (BBL) 2,5 gram

- Solutio

CaCl

1% 1,8 ml

Solutio Rezasurin 0,1 gram

L Cystein HCl 0,1 gram

Distillated water 198 ml

Selanjutnya tabung dikirim segera ke bagian

Mikrobiologi. Setiap bahan ditanam di dalam media agar

darah. Kemudian koloni yang tumbuh diisolasi dan

diidentifikasi dengan teknik pure culture (kultur murni).

Identifikasi kuman didasarkan pada morfologi koloni kuman

yang tumbuh pada media kultur (agar darah) dan uji biokimia.

Identifikasi bakteriologik dalam tubuh manusia (dalam hal ini

sekret telinga penderita OMSKBA) masih mengandalkan

teknik kultur murni.

PCR (Polymerase Chain Reaction) RISA (Ribosomal

Intergenic Spacer Analyse)

Sekarang telah dikembangkan teknik identifikasi

mikrobakterium dengan metode biologi molekuler seperti

PCR. Sebagian teknik ini sudah menggunakan analisis

molekuler yakni sekuen gen rRNA. Banyak laboratorium yang

menggunakan teknik molekuler berdasarkan rRNA untuk

mengidentifikasi kuman patogen dan kuman komensal.

Metode RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis)

berdasarkan panjang polimorphisme dari sekuen intergenic

spacer (IGS) antara gen subunit rRNA yang kecil (16s) dan

yang besar (23s) yang dapat mengamplifikasi primer

eubakterial universal langsung dari komunitas.

Kemajuan di bidang biologi molekuler telah dapat

mengembangkan komunitas bakterial dengan menggunakan

metode DNA fingerprinting sehingga dapat memantau

kompleks komunitas bakteri di lingkungan alamiah tanpa

isolasi.

Metode ini melibatkan ekstraksi DNA insitu dari

komunitas bakteri menggunakan amplifikasi sekuens PCR

sehingga didapatkan informasi genetik yang lebih detail.

Sekuens yang digunakan sebagai tanda dari komunitas

bakterial ini adalah gen dari ribosomal operon rRNA.

Ribosomal Intergenic Spacer Analysis (RISA) adalah metode

analisis mikrobiologi komunitas yang dapat memperkirakan

keanekaragaman agen mikrobiologi dalam komposisi

komunitas tanpa melihat bias yang dihasilkan dari pendekatan

Cermin Dunia Kedokteran No. 155, 2007

RISA untuk Bakteri OMSK Benigna Aktif

metode kultur. Metode ini melibatkan penggunaan amplifikasi

PCR berdasarkan panjang polimorphisme dari sekuen

intergenic spacer (IGS) dari regio kecil (16s) dan yang besar

(23s) dari gen subunit rRNA dalam rRNA operon, dengan

target primer oligonukleotida dalam regio 16s dan 23s. region

intergenic 16s-23s, yang mengkode tRNAs tergantung dari

macam species bakterial, yang diketahui dari heterogenitas

panjangnya dan sekuens nukleotida

Metode RISA merupakan metode ekologi molekuler

yang dapat digunakan untuk mengamati ekologi bakteria pada

lingkungan alamiah. Metode RISA memiliki prospek dalam

kegunaannya untuk mempelajari komposisi komunitas

mikrobia baik untuk identifikasi genus, spesies atau

pengelompokan phylogenetik dan mengamati perubahan

lingkungan yang terjadi.

RISA merupakan metode yang sangat baik untuk

mengamati struktur dan dinamisasi komunitas bakteri yang

sangat kompleks melalui perubahan pita-pita DNA. RISA

dapat digunakan untuk mengidentifikasi populasi yang terjadi

dalam suatu komunitas.

RISA merupakan analisis polimorfis dari bagian yang

memisahkan gen rrs dan rrl IGS (intergenic spacer) yang

memiliki variasi ukuran dari 50bs sampai 1,5 kb.

Rangkaian beberapa pita DNA dapat menunjukkan secara

spesifik keberadaan populasi dalam suatu komunitas. Variasi

bagian teramplifikasi dari IGS dapat dengan langsung

dipisahkan atas dasar ukurannya menggunakan gel

poliakrilamid. Variabilitas ukuran yang tinggi menunjukkan

adanya variabilitas yang tinggi dalam struktur genetik

komunitas.

Gambar di atas menunjukkan panjang daerah distribusi

IGS antara gen rrs dan rrl pada kelompok eubakteria &

menunjukkan rata-rata panjang daerah IGS untuk tiap filum.

Kelompok

-proteobacteria, terdiri atas :

Hyphomicrobium,

Blastobacter,

Rhodobacter,

Rhodopseudomonas, Bartonella, Nitrobacter, Azospirillum,

Agrobacterium, Rhizobium, Bradyrhizobium, Candidatus, Zy-

momonas, Gluconobacter, Acetobacter, Ochrobactrum,

Brucella, Caulobacter, dan Ehrlichia;

-proteobacteria,

terdiri atas: Acidithiobacillus, Thiobacillus, Ralstonia,

Nitrosospira, Nitrosomonas, Burkholderia, Xylophilus,

Nitrosolobus, Neisseria, dan Microvirgula;

-proteobacteria,

terdiri atas: Yersinia,

Photorhabdus,

Azotobacter,

Haemophilus, Enterobacter, Citrobacter, Xanthomonas,

Pseudomonas, Acinetobacter, Vibrio, Aeromonas, Klebsiella,

Escherichia,

Salmonella,

Pasteurella,

Actinobacillus,

Thiobacillus, Dichelobacter,Piscirickettsia, Xylella, Erwinia,

dan

Pectobacterium;

-proteobacteria, terdiri atas:

Campylobacter; high-GC-content gram-positive bacteria,

terdiri atas : Streptomyces, Rhodococcus, Frankia,

Arthrobacter, Brevibacterium, Microbispora, Bifidobacterium,

Corynebacterium,

Staphylococcus,

Mycobacterium,

Renibacterium, Tropheryma, Thermonospora, Spirillospora,

Excellospora, Actinocorallia, dan Actinomadura; low-GC-

content gram-positive bacteria, terdiri atas: Bacillus,

Lactobacillus, Clostridium, Leuconostoc, Streptococcus,

Achole-plasma, Anaeroplasma, Listeria, Enterococcus,

Mycoplasma,

Ureaplasma,

Phytoplasma,

Lactococcus,

Pectinatus, Zymophilus, dan Planococcus; chlamydiae terdiri

atas : Chlamydia, Chlamydophila, Simkania, Parachlamydia,

dan Waddlia; cyanobacteria terdiri atas: Microcystis,

Spirulina, Trichodesmium, Arthrospira, dan Anacystis;

spirochetes, terdiri atas : Leptonema dan Treponema; dan

cytophagales,

Prevotella,

Rhodothermus, dan

Flavobacterium.

Metode RISA ini berdasar pada panjang sekuen Spacer

intergenic yang berbeda di antara gen penyandi sub-unit

rRNA kecil (16S) dan besar (23S) yang diamplifikasi dengan

primer universal untuk eubakteria.

Cermin Dunia Kedokteran No. 155, 2007

RISA untuk Bakteri OMSK Benigna Aktif

METODOLOGI PENELITIAN

A. Rancangan Penelitian

Penelitian ini merupakan cross sectional study,

merupakan penelitian eksperimental dan preliminary study.

B. Populasi Penelitian

Populasi penelitian adalah semua pasien Poliklinik THT

RS Dr. Sardjito Yogyakarta yang didiagnosis OMSKBA yang

datang selama jangka waktu penelitian.

Kriteria inklusi:

- Penderita OMSK benigna aktif yang datang berobat ke

poliklinik THT FK UGM/RSUP Dr Sardjito

- Pada pemeriksaan otoskopi, didapatkan perforasi subtotal

atau total

Kriteria eksklusi:

Penderita menggunakan antimikroba sistemik atau topikal

paling sedikit 7 hari sebelum pemeriksaan

- Menderita penyakit berat atau infeksi lain

- Penderita otitis eksterna

- Menolak ikut serta dalam penelitian.

C. Sampel

Sampel penelitian adalah sampel sekret/congek penderita

OMSK benigna aktif yang diambil dari telinga pasien.

Besar sampel: 5 pasien

D. Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian ini dilakukan di Poliklinik THT RS Dr.

Sardjito Yogyakarta, di Laboratorium Mikrobiologi FK-UGM

dan Laboratorium Pusat Studi-Bioteknologi UGM dari tanggal

1 April 2005 sampai dengan 31 Mei 2005.

E. Cara Penelitian

A. Pemilihan

sampel.

a. tempat : Rumah Sakit Dr Sardjito unit THT FK UGM

b. waktu : bulan April 2005

c. bahan. : discharge diambil dari 5 penderita yang di

diagnosis OMSK Benigna aktif. (lihat pendahuluan).

Pemilihan sampel sesuai kriteria inklusi dan eksklusi ;

tidak ada pembatasan umur, jenis kelamin penderita serta

telinga yang kanan atau yang kiri.

Setiap pasien hanya diambil dischargenya dari satu telinga

saja.

Pasien harus bebas antibiotika paling sedikit 7 hari sebelum

pemeriksaan

B. Pengambilan

Sampel

Sampel/spesimen diambil dengan cara sebagai berikut :

1. Sebelum mengambil spesimen, diperhatikan sterilitas.

2. Spesimen diusahakan sejauh mungkin harus steril dengan

melakukan desinfeksi (alkohol) di daerah kulit canalis

auditoris externus.untuk menghindari kontaminasi kuman dari

daerah tersebut.

3. Spesimen diambil segera.

4. Alat untuk mengambil material sekret berupa kateter intra

vena ukuran 20G dan semprit 1ml.

5. Proses pengambilan spesimen memakai sarung tangan

steril.

6. Spesimen dimasukkan ke dalam tabung media transport

yang panjangnya 12 cm dan bergaristengah 1,5cm, tabung lalu

ditutup kapas.

7. Tabung media transport yang berisi media kultur dan

spesimen dikirim ke Lab Mikrobiologi FK UGM untuk di

isolasi di media kultur (agar darah) dan diidentifikasi jenis

kumannya.

8. Plate (media kultur) berisi isolasi bakteri yang telah

tumbuh koloninya dikirim ke Lab PS-Bioteknologi UGM

untuk menjalani proses ekstraksi DNA dan diidentifikasi

dengan teknik PCR-RISA

9. Pengiriman spesimen disertai formulir yang memuat

catatan: nama, alamat, umur dan jenis kelamin penderita, jenis

spesimen yang dikirim, tanggal pengambilan spesimen, gejala

/diagnosis penyakit.

C. Pengolahan

sampel

Spesimen dalam tabung media transport diisolasi dalam

media kultur agar darah dalam plate, lalu diidentifikasi dan

didifirensiasi di Lab Mikrobiologi FK-UGM Yogyakarta..

Plate (media kultur) yang berisi isolasi dan koloni kuman

dibawa ke laboratorium Pusat Studi Bioteknologi UGM untuk

menjalani ekstraksi DNA. Setelah itu dilakukan PCR-RISA.

Sesudah PCR selesai, produk PCR di elektroforesis. Setelah

itu dilihat di transiluminator u.v., dan difoto dengan

menggunakan kamera digital. Metoda analisis yang dipakai

adalah RISA. (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis).

Esktraksi DNA dan PCR dikerjakan di Laboratorium

Mikrobiologi Pusat Studi Bioteknologi UGM.

Pemeriksaan bakteriologik menggunakan metoda PCR-

RISA

Bahan: Tris-HCl, EDTA, SDS, lisosim, CTAB, NaCl,

kloroform, isopropanol, etanol 70 %.

Prosedur kerja

Sebanyak 1.5 ml kultur sel dalam tabung 1.5 ml

disentrifugasi dengan kecepatan 13.000 rpm selama 5 menit.

Supernatan dibuang.

Pelet hasil sentrifugasi ditambahi 500

µl TE (100 mM ris-HCl,

100 mM EDTA; pH 8), vortex hingga homogen. Ditambahkan

µl lisosim (50 mg/ml) dan inkubasi pada 37

C selama 60

menit. Tambahkan 200

µl SDS 10 %, 100 µl NaCl 5 M, dan

µl CTAB lalu inkubasi pada 68

C selama 30 menit (sampel

dibolak-balik setiap 10 menit). Dilakukan penambahan 1:1

chloroform dan sentrifugasi 13.000 rpm selama 10 menit.

Lapisan atas diambil dan tambahkan 0.6 x volume isopropanol

kemudian disentrifugasi kembali 13.000 rpm selama 5 menit.

Supernatan dibuang dan cuci pelet dengan 100

µl etanol 70 %

dan kering anginkan. Tambahkan 20

µl TE dan homogenkan.

Untuk sampel langsung tanpa menggunakan teknik kultur,

dilakukan prosedur yang sama dengan teknik dikulturkan,

hanya sampel yang digunakan langsung ditambahi 500

µl TE.

Polymerase Chain Rection Primer, Reagen, siklus termal

Reagen: Primer; 1406F (5'>TGYACACACCGCCCGT<3')

(universal rRNA small subunit)

23SR (5'>GGGTTBCCCCATTCRG<3')

(bacterial 23S rRNA large subunit)

Ready To Go (Amersham Biosciences);

2.5 unit Taq polymerase

10 mM Tris HCl (pH 9)

Cermin Dunia Kedokteran No. 155, 2007

RISA untuk Bakteri OMSK Benigna Aktif

50 mM KCl

1.5 mM Mg200

µl dNTP + stabilizer + BSA

Siklus PCR: denaturasi awal 94

C selama 2 menit, proses

selanjutnya sebanyak 25 siklus yang terdiri dari denaturasi

(15 detik pada suhu 94

C), penempelan primer (15 detik pada

suhu 56

C), elongasi (30 detik pada 72

C). Setelah akhir

siklus, elongasi dilanjutkan pada suhu 72

C selama 1 menit,

kemudian proses dihentikan dengan mengatur suhu pada 4

dan hasilnya divisualisasi dengan 1.5 % agarose.

HASIL PENELITIAN

Krakteristik Sampel

Sampel/Spesimen

III

Umur

22 th

31 th

21th

27th

5th

Jenis

Kelamin

Laki

laki

perempuan perempuan

Laki

laki

perempuan

Alamat Bantul Sleman Sleman

Sleman

Pemeriksaan Bakteriologis dengan media kultur

Sampel/Spesimen

I II III

Jenis

Kuman

Pseudomonas

aeruginosa

Pseudomonas

Hanya didapatkan 1 jenis genus Pseudomonas spp

(sampel I, II, III, V) dan 1 jenis spesies P.aeruginosa (sampel

IV)

Pemeriksaan Bakteriologis dengan PCR-RISA

Sampel I II III IV V M

M : marker 100bp ladder

Tampak gambaran genus Pseudomonas yang tidak sama.

Mungkin merupakan spesies/strain Pseudomonas yang

berbeda.

PEMBAHASAN

PCR merupakan suatu metode enzimatis untuk

melipatgandakan secara eksponensial sel nukleotida tertentu

secara in vitro.

Ada beberapa faktor yang mempengaruhi kecepatan

migrasi DNA pada agarose yaitu: 1. Konsentrasi agarose 2.

Berat molekul DNA dan 3. Struktur DNA.

Dari hasil visualisasi terlihat adanya pola migrasi yang

berbeda dari DNA bakteri Pseudomonas. Hasil PCR dengan

menggunakan primer RISA pada agarose 1,5% tersebut

disebabkan oleh adanya perbedaan struktur DNA. Hal tersebut

tampak pada hasil penelitian pemeriksaan bakteriologis

dengan PCR-RISA, yaitu adanya perbedaan struktur DNA

antara hasil PCR dari sampel I sd. sampel V .

Selain faktor struktur DNA, perbedaan pola migrasi dari

sampel DNA bakteri yang diduga satu genus dapat pula

disebabkan oleh perbedaan panjang sekuens yang

teramplifikasi karena IGS sangat spesifik untuk setiap spesies

bakteri; sehingga mungkin genusnya sama pseudomonas tetapi

spesiesnya berbeda.

Hasil tersebut di atas menunjukkan bahwa pendekatan

biologi molekuler yaitu RISA dapat membedakan beberapa

strain/spesies Pseudomonas dari cairan telinga penderita Otitis

Media Supuratif Kronik Benigna Aktif, sedangkan dengan

pendekatan tradisional yaitu pembiakan pada medium agar

darah, bakteri yang diperoleh hanya dapat dibedakan menjadi

2 macam bakteri yaitu Pseudomonas sp dan P. aeruginosa.

Hasil ini mengindikasikan bahwa RISA dapat membedakan

bakteri lebih seksama dibandingkan dengan pendekatan

tradisional. Hasil ini sesuai dengan beberapa penelitian

sebelumnya yang juga mampu membedakan spesies dari

kelompok Cyanobacteria

, dan dari kelompok Bacillus.

21,22

Dari beberapa penelitian ini dan penelitian sebelumnya

tampak bahwa RISA merupakan alat yang sangat baik untuk

pembedaan bakteri-bakteri hasil isolasi karena memungkinkan

pembedaan pada aras spesies.

Pendekatan ini mungkin juga sangat berguna dalam

karakterisasi strain bakteri yang menunjukkan variabilitas

tinggi dalam kelompok-kelompok bakteri yang secara

taksonomi sangat dekat.

Pemanfaatan RISA dalam pembedaan bakteri penyebab

penyakit akan sangat bermanfaat terutama jika dikaitkan

dengan resistensi mereka terhadap antibiotik. Pembedaan

bakteri dengan metode RISA mungkin dapat menjelaskan

mengenai resistensi bakteri terhadap suatu antibiotik.

KESIMPULAN

1. Pendekatan molekuler (RISA) lebih unggul/sensitif dalam

membedakan bakteri yang diisolasi dari sekret telinga

penderita Otitis Media Supuratif Kronik Benigna Aktif

(OMSKBA) dibandingkan dengan pendekatan tradisional

(didasarkan pada pengamatan morfologi kultur/koloni bakteri

pada media kultur / pure culture).

2. RISA memungkinkan pembedaan bakteri patogen

penyakit infeksi di telinga (OMSKBA) pada aras spesies

bahkan pada aras intra spesies.

KEPUSTAKAAN

1. Kenna MA, Rosane BA, Bluestone CD. Medical Management of

Chronic Suppurative Otitis Media without Cholesteatoma in Children-

Update 1992. Am J Otol 1993: 14:469-73

Cermin Dunia Kedokteran No. 155, 2007

RISA untuk Bakteri OMSK Benigna Aktif

Papastavros T, Giamarellou H, Varledjides S. Obstaining Specimens of

Discharge from the Middle Ear for Cultures. Laryngoscope 1985;

95:1413-1414

12. Helmi, Djaafar ZA, Sosialisman, Hafil AF, Ratna D. Panduan

penatalaksanaan baku Otitis Media Supuratif Kronik di Indonesia. Eds.

Soetjipto D, Mangunkusumo E, Helmi. Jakarta 2002 ; 9-10

Kenna MA. Epidemiology and Natural History of Chronic Suppurative

Otitis Media. Ann. Otol Rhinol Laryngol. 1988; 95 (Suppl.131);8

13.

WorldHealthReport,2000.

http://www.who.int/whr/2001/archives/2000/e

n/pdf/Annex4-en.pdf (accessed 21 July 2003).

Istioro YH. Penggunaan Antibiotik pada Otitis Media Supuratif Kronik.

In: Helmi eds. Pengobatan Non Operatif Otitis Media Supuratif Kronik.

Jakarta. Balai Penerbit FKUI. 1990:7-16.

14. Leiberman A, Fliss DM, Dagan R. Medical Treatment of Chronic

Suppurative Otitis Media without Cholesteatoma in Children-a Two

Year Follow-up. Internat. J Pediatr. Otorhinolaryngol.. 1992:24;25-33.

Kenna MA, Bluestone CD, Reilly JS. Medical Management of Chronic

Suppurative Otitis Media without Cholesteatoma in Children. 1986;

96:146-51.

15. Bluestone CD, Kenna MA. Consensus. Ann Otol Rhinol Laryngol 1988;

97 (suppl.131):41-42.

16. Fliss DM et al. Medical Management of Chronic Suppurative Otitis

Media without Cholesteatoma in Children. J.Pediatr. 1990 ;116:991-996.

6. Jonsson L, Schwan A, Thomander L et al. Aerobic and Anaerobic

Bacteria in Chronic Suppurative Otitis Media (a quantitative study).

Acta Otolaryngol. Stockh.1986; 102:410-414.

17. Papastravos T, Giamarellou, Varlejides S. Role of Aerobic and

Anaerobic Microorganisms in Chronic Suppurative Otitis Media.

Laryngoscope 1986; 96:438-442.

Shenoi PM. Management of Chronic Suppurative Otitis Media. In: Kerr

GA. Scott-Brown's Otolaryngology (Otology). Fifth ed. Butteworths.

1987:215-237.

18. Amadasun JEO. Bacteriology of Inadequately Treated Active Chronic

Otitis Media in Paediatric Age Group. J Laryngol Otol 1991; 105:341-

342.

8. Papastravos T, Giamarellou, Varlejides S. Role of Aerobic and

Anaerobic Microorganisms in Chronic Suppurative Otitis Media.

Laryngoscope 1986; 96: 438-442.

19. Hariasri S. Otitis Media Supuratif Kronik : Latar belakang dan evaluasi

pengobatan konservatif. Skripsi bagian THT FKUI. Jakarta: FKUI 1983.

9. Ranjard L, Brothier E, Nazaret S. Sequencing Bands of Ribosomal

Intergenic Spacer Analysis Fingerprints for Characterization and

Microscale Distribution of Soil Bacterium Populations Responding to

Mercury Spiking. Applied and Environmental Microbiology. 2000:

5334-5339.

20. Boyer SL, Flechtner VR, Johansen JR. Is the 16S-23S rRNA internal

transcribed spacer region a good tool for use in molecular systematics

and population genetics? A case study in cyanobacteria..Mol Biol Evol.

2001 Jun;18(6):1057-69.

21. Daffonchio D, Cherif A,1,Brusetti L,Rizzi A,Mora A,Boudabous A,

Borin S. Nature of Polymorphisms in 16S-23S rRNA Gene Intergenic

Transcribed Spacer Fingerprinting of Bacillus and Related Genera. Appl

and Environmental Microbiol. 2003; 69( 9): 5128-5137.

10. Yu Z, Mohn WW. Bacterial Diversity and Community Structure in an

Aerated Lagoon Revealed by Ribosomal Intergenic Spacer Analyses and

16S Ribosomal DNA Sequencing. Appl. and Environmental Microbiol..

2001; 67 (4):15651574

11. Djaafar ZA. Kelainan telinga tengah. Dalam buku ajar Ilmu Kesehatan

Telinga Hidung Tenggorok Kepala Leher. Eds. Supardi E, Iskandar N.

2001:Hal 49-62.

22. Xu, D, Cote, JC. Phylogenetic relationships between Bacillus species

and related genera inferred from comparison of 3' end 16S rDNA and 5'

end 16S-23S ITS nucleotide sequences. Int J Syst Evol Microbiol 2003;

53: 695-704.

It is ironic habit of human beings to run faster when we

have lost our way

Rollo May (1909-1954)

Cermin Dunia Kedokteran No. 155, 2007

Document Outline